Après les vacances d'été, le Winx Club retourne à Alféa pour y effectuer leur deuxième année. Elles rencontrent une nouvelle fée, Layla, qui a besoin de leur aide pour secourir ses amies Pixies retenues prisonnières par Lord Darkar, le Phoenix de l'Ombre... Pour prendre possession du royaume magique, il doit découvrir l'emplacement de leur village afin d'y dérober les quatre pièces du codex qui lui permettront d'ouvrir le portail du Royaume de Realix, renfermant le pouvoir ultime... Les Trix rencontrent également Lord Darkar, à qui elles jurent fidélité. Au cours de leurs aventures, les amies découvrent le Charmix. Un nouveau "professeur" arrive à Alféa et transforme Bloom en Dark Bloom afin de servir Lord Darkar. Aidé par Dark Bloom, il parvient à ouvrir le portail du Royaume de Realix. Tout semble perdu... Au dernier moment, Sky avoue ses sentiments à Bloom qui revient alors à son état normal. Elle parvient alors à guérir tout le monde et triomphe de Lord Darkar. Après le combat, tout le groupe retourne à Alféa et organise une grande fête ! Layla rejoint le Winx Club tandis que Stella a un projet de mode en tête...